Pepperland wird von den Blaumiesen angegriffen und die „Sgt. Pepper’s Lonely Hearts Club Band“ wird in einer Blase gefangen. Pepperland wird dadurch ganz farblos und ist dem Angriff der Blaumiesen hilflos ausgeliefert. Der Lord Mayor schickt Fred mit einem gelben Unterseeboot los, um die Beatles zu holen, damit diese mit ihrer Musik die Blaumiesen vertreiben. Auf ihrer Reise nach Pepperland treffen sie auf Boob, den „Nowhere Man“, der sie fortan begleitet. In Pepperland angekommen, gelingt es den Beatles mit ihrer Musik die Blaumiesen zu besiegen und Pepperland zu befreien.